DNA codes

I received Bendji's DNA test results yesterday. πŸ™‚
I don't know if the codes they use are the same in Europe as in the US but is there anyone of you who can tell me what these codes stand for :

AHT121 - AHT137 - AHTh171 - AHTh260 - AHtk211 - AHtk253 - Amelogenin - CXX279 - FH2054 - FH2848 - Inra21 - Inu005 - Inu030 - Inu055 - REN162C04 - REN169D01 - REN169O18 - REN247M23 - REN54P11

They are using the ISAG nomenclature but I didn't became wiser on their site neitherβ€¦πŸ˜•
Thnx

Ooops, wrong thread … Must be in "Genetics" I think ?

Waarom wil je weten waar ze voor staan? Deze test is meer om te kijken of Bendji wel echt de zoon is van de opgegeven vader en moeder toch?

Misschien heb je hier iets aan..

In de genen van elk individu zitten loci welke repetitieve sequenties (C,T,A of G) bevat, variabel in lengte ( bv: 21 of 25 maal koppel CA ). Deze worden ook microsatellieten genaamd en worden onverbreekbaar doorgegeven, generatie op generatie.

Wetend dat elke Locus uit 2 allelen bestaat (een op elke luttel stukje DNA) en indien de Mendelisme genetica wet gerespecteerd blijft, zijn de 2 allelen voor de helft afkomstig van enerzijds de moeder en anderzijds de vader.
De controle van de antecedenten bestaat er in de profielen van het individu te vergelijken met diegene van de ouders. ( zie figuur 1) .

Om er voor te zorgen dat het systeem van genetische identificatie van dieren ook effectief is bij internationale vergelijkingen en tussen laboratoria onderling, is het nodig de gezochte locus te standaardiseren per diersoort. Deze taak werd toevertrouwd aan ISAG welke de principale internationale laboratoria groepeert welke actief zijn op dit domein.

Dankzij vergelijkende testen tussen laboratoria, raad de ISAG het gebruik van een specifiek aantal microsatelite loci aan, welke best geschikt zijn voor analyse en dit met een hoge graad van betrouwbaarheid om gegevens van een dier te oordelen.

In het geval van de hond zijn er 18 microsatelite loci welke momenteel aanbevolen zijn, maar niets weerhoud er het ISAG van om ook andere loci te onderzoeken welke eigen zijn aan de hond. Hoe meer gecontroleerde loci, hoe groter de zekerheid.
De kost van dit onderzoek beperkt echter het aantal onderzochte allelen.

De wijze van voorbrengen van de resultaten van een DNA analyse kan verschillen tussen laboratoria, waar sommigen een cijfer code verkiezen gaan anderen een letter code geven.
Dit zorgt voor verwarring en maakt een vergelijk (en dus ook controle) van DNA gegevens tussen dieren soms onmogelijk.

Op dit moment en op Internationaal niveau , vraagt het ISAG om cijfer combinaties te gebruiken. Voor die rede wordt aan alle laboratoria gevraag om cijfer code te kiezen in hun DNA rapport.

Het is evident dat vele, meestal uit gewoonte maar ook leesgemak, een letter code verkiezen. Spijtig genoeg blijft dit eigen aan laboratoria en bestaat de mogelijkheid om de codes om te zetten niet steeds. Daarom zal de KMSH in deze gevallen zowel de letter als cijfer combinatie vermelden op het verslag.

Of is het van z'n fanconi test..?

Het zijn volgens mij codes van markers. Die 'betekenen' verder niets, alleen dat deze bepaalde stukjes terug te vinden zijn op zijn DNA. Dmv onderzoek zijn ze erachter gekomen dat fanconi (of bijvoorbeeld dwerggroei bij de Duitse herder) gekoppeld is aan bepaalde markers. Ze weten dus niet welk gen er voor verantwoordelijk is, maar wel dat het tegelijk overerft met bepaalde markers die hoogstwaarschijnlijk dicht in de buurt van het gen liggen.

Als ze dus een DNA test doen, testen ze op die markers. Wanneer dan bepaalde combi's aanwezig zijn, kan er gezegd worden dat de hond waarschijnlijk vrij/drager/lijder is.

Maar goed.. in dit geval moeten het dan dus wel de codes van de markers zijn πŸ™‚

Ok.. gecontroleerd. Het zijn markers πŸ™‚

Als je ze wilt vinden in het genoom van de hond, ga dan naar http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map_search.cgi?taxid=9615 en tik bij "Search for'' de code in. Dan geeft hij aan op welk chromosoom de marker ligt πŸ™‚

Hey Janneke,
Ik leg even uit vanwaar mijn vraag.
Ik heb van het lab 2 dingen gekregen:

  1. een Canine DNA Certificate : de resultaten zijn opgenomen in 3 kolommen, de Marker, Allele1 en Allele2. Naast de markers die ik in mijn initi?le vraag heb gegeven staan waarden vb. 104 voor Allele1 en 108 voor Allele2. Dit zegt mij totaal niks. Moeten deze getallen tussen een bepaalde waarde liggen of geven die gewoon een plaatsbepaling ?
  2. een DNA paspoort : Hierop staan weer alle marker codes maar als resultaat staat er bv. P-R of K-S of I-L. Ook al chinees voor mij.

Onderaan op het paspoort staat dat je meer info vindt via de ISAG nomenclatuur maar ook daar vind ik niks …

Enfin, we hebben al een onderwerp voor zaterdag hahaha !!!

Toch bedankt voor je uitgebreide verduidelijking !

Greetz

um… i'm interested in the DNA stuff in this thread but I can't understand anything... πŸ˜•

Hi Janneke,

We have a lot of members from around the world and English is the language everyone understands. We encourage our members to post in English so others can benefit from the contents.

You can also use google translate for quicker results, although sometimes it's not very accurate.

http://translate.google.com/translate?hl=en&ie=UTF-8&sl=nl&tl=en&u=http://www.basenjiforums.com/showthread.php?t=5683

Thank you

I'm really sorry… I was at the university and didn't have a lot of time to post.. I just gave some information about the codes being markers and I gave a website with the canine genome so Tsjoe007 can find the markers. I asked if this was a DNA test to confirm that the sire and bitch of the litter are indeed the mom and dad of Bendji (I believe this test has to be done in Belgium?) I also asked why Tsjoe wants to know all of this πŸ™‚

He answered me that we will talk about it this saterday at our meeting, because that will probably talk easier πŸ™‚

No worries. πŸ™‚

@Janneke:

I'm really sorry… I was at the university and didn't have a lot of time to post.. I just gave some information about the codes being markers and I gave a website with the canine genome so Tsjoe007 can find the markers. I asked if this was a DNA test to confirm that the sire and bitch of the litter are indeed the mom and dad of Bendji (I believe this test has to be done in Belgium?) I also asked why Tsjoe wants to know all of this πŸ™‚

He answered me that we will talk about it this saterday at our meeting, because that will probably talk easier πŸ™‚

Oops, Janneke, I hope you don't get a profile warning for answering my question in Dutch … 😞
Even if our English is not very good, especially with scientific explanations, let's give it a try anyway next time :rolleyes:
Greetz

@tsjoe007:

Oops, Janneke, I hope you don't get a profile warning for answering my question in Dutch … 😞
Even if our English is not very good, especially with scientific explanations, let's give it a try anyway next time :rolleyes:
Greetz

Hey..hey.. my English is PER-FECT…. :mad: Hahaha.. πŸ˜‰ My German and French are 'not very good' πŸ˜ƒ πŸ˜ƒ (Four languages is just too much.. :p)
I totally agree with Alex we should communicate in English here, also in the personal messages we send.

From now on...... All my messages are in English... I promise.. πŸ™‚

Looks like your connection to Basenji Forums was lost, please wait while we try to reconnect.